Ci sono troppi tipi di farmaci per dare una raccomandazione generale.
Ci sono alcuni farmaci, come quelli che usano gli ingredienti verde malachite o formalina che sono molto duri su invertebrati (lumache, gamberi) e sono più duri su pesci senza squame (pesce gatto, liscivie) e pesci d'acqua dolce (tetras cardinale, tedesco Blue Rams, discus). Questi sono duri anche sulle piante. Sconsiglierei di trattare in una vasca di comunità, a meno che non si pensi che il problema delle radici colpisca tutti i pesci e che i pesci siano in grado di tollerarlo alla dose necessaria. Questi due ingredienti possono uccidere i batteri nitrificanti, ma potrebbero non esserlo.
Gli antibiotici (kanamicina, eritromicina, tetraciclina, altri) sono generalmente meglio tollerati da una più ampia varietà di creature e nelle giuste circostanze sono relativamente sicuri da applicare ad un intero acquario. Detto questo, alcune di esse uccideranno i vostri batteri nitrificanti, disattivando così il vostro acquario e rendendo probabile che abbiate a che fare con picchi di ammoniaca persistenti che uccideranno o danneggeranno gravemente i vostri pesci. Studiate attentamente l'ingrediente per valutare il rischio in questo caso.
Il rame è un ingrediente che può essere molto efficace per certi disturbi, ma anche in questo caso è duro per i pesci senza squame e in generale uccide i pesci in caso di sovradosaggio. È assolutamente letale per gli invertebrati ed è difficile da rimuovere dalla vasca. Anche solo le tracce lasciate dai trattamenti di tempo fa possono uccidere lumache e gamberi. Non applicherei mai il rame in un acquario di comunità.
Ci sono alcuni farmaci antiparassitari, come il metronidazolo e il praziquantel, che sono molto blandi e non dovrebbero comportare gravi rischi in una vasca di comunità. Non li metterei comunque in una vasca se non fossi certo che alcuni pesci ne abbiano bisogno; non li metterei in una vasca come misura puramente precauzionale.
Come regola generale, scoprite quali sono i principi attivi del farmaco, leggete le avvertenze e le raccomandazioni del produttore, e poi cercate i singoli ingredienti per imparare da altri acquariofili e fonti.